Crijevna flora ili mikrobiotika crijeva izraz je za sve mikroorganizme koji se naseljavaju u probavnom traktu. U dojenčadi se mirkoorganizmi koji čine crijevnu floru tek moraju nastaniti i razviti. Razne studije pokazuju da kolonizacija crijeva počinje već u maternici. Crijevna flora dojenčadi se mijenja s vremenom. Zdrava crijevna flora važan je temelj za opće zdravlje. Zbog toga su dobre crijevne bakterije (poput bifidobakterija, laktobacila) važne za borbu protiv patogenih bakterija. Na taj način se mogu izbjeći infekcije. Pored toga, crijevna flora potiče razvoj imunološkog sustava, koji je nakon rođenja još uvijek nezreo.